摘要 :
Sequencing of the rice genome has provided a platform for functional genomics research of rice and other cereal species. However, multiple approaches are needed to determine the functions of its genes and sequences and to use the ...
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Sequencing of the rice genome has provided a platform for functional genomics research of rice and other cereal species. However, multiple approaches are needed to determine the functions of its genes and sequences and to use the genome sequencing results for genetic improvement of cereal crops. Here, we report a plant-transformation-competent, binary bacterial artificial chromosome (BIBAC) and bacterial artificial chromosome (BAC) based map of rice to facilitate these studies. The map was constructed from 20 835 BIBAC and BAC clones, and consisted of 579 overlapping BIBAC/BAC contigs. To facilitate functional analysis of chromosome 8 genomic sequence and cloning of the genes and QTLs mapped to the chromosome, we anchored the chromosomal contigs to the existing rice genetic maps. The chromosomal map consists of 11 contigs, 59 genetic markers, and 36 sequence tagged sites, spanning a total of ca. 38 Mb in physical length. Comparative analysis between the genetic and physical maps of chromosome 8 showed that there are 3 “hot” and 2 “cold” spots of genetic recombination along the chromosomal arms in addition to the “cold spot” in the centromeric region, suggesting that the sequence component contents of a chromosome may affect its local genetic recombination frequencies. Because of its plant transformability, the BIBAC/BAC map could provide a platform for functional analysis of the rice genome sequence and effective use of the sequencing results for gene and QTL cloning and molecular breeding.Le séquençage du génome du riz a fourni une plateforme pour la recherche en génomique fonctionnelle chez le riz et d'autres céréales. De nombreuses approches sont requises cependant pour déterminer la fonction des gènes et de la séquence ainsi que pour exploiter les résultats du séquençage pour l'amélioration génétique des céréales cultivées. Les auteurs rapportent une carte physique du riz basée sur des clones BIBAC (chromosomes artificiels bactériens compétents pour la transformation binaire des plantes) et BAC (chromosomes artificiels bactériens), laquelle facilitera ces travaux. La carte a été assemblée avec 20 835 clones BIBAC et BAC, lesquels formaient 579 contigs BIBAC/BAC chevauchants. Pour faciliter l'analyse fonctionnelle du chromosome 8 et cloner les gènes et QTL situés sur ce chromosome, les auteurs ont ancré les contigs chromosomiques aux cartes existantes du riz. La carte chromosomique comprend 11 contigs, 59 marqueurs génétiques et 37 marqueurs STS sur une distance totale de 38 Mb. Une comparaison des cartes génétique et physique du chromosome 8 a montré qu'il y a trois points «chauds» et deux points «froids» de recombinaison génétique sur les bras chromosomiques en plus du point «froid» de la région centromérique. Cela suggère que la composition d'un chromosome peut affecter les fréquences locales de recombinaison génétique. En raison de son utilité potentielle en transformation végétale, une carte BIBAC/BAC offre une plateforme pour l'analyse fonctionnelle du génome du riz et un emploi efficace de la séquence génomique pour le clonage de gènes et de QTL ainsi que pour la sélection moléculaire.
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